Sukladno Pravilima Zadruge za etično financiranje, tijela ZEFa su: Skupština, Upravitelj, Nadzorni odbor, Odbor za članstvo i Vijeće za mirenje.
Skupština je najviše tijelo upravljanja u ZEF-u, koje čine svi članovi Zadruge po principu “jedan član, jedan glas”.
Skupština je nadležna za sljedeća pitanja: donosi pravila i druge akte Zadruge, bira, opoziva te odlučuje o prihvaćanju izvještaja predsjednika i zamjenika predsjednika Skupštine, upravitelja, članova Nadzornog odbora, Odbora za članstvo i drugih tijela ZEF-a. Odlučuje o raspodjeli dobiti odnosno viška prihoda i pokriću gubitka odnosno manjka, donosi sve druge važne odluke o poslovanju i strategiji ZEF-a.
Sjednice Skupštine saziva i vodi izabrani/a predsjednik/ca Skupštine ili zamjenik/ca predsjednika/ce Skupštine. Radi povećanja učinkovitosti u radu i donošenju odluka, u prosincu 2014. započeo je rad Skupštine prema predstavničkom modelu, što znači da članovi odabiru svoje predstavnike i zamjenike u Skupštini na mandat od dvije godine po kriterijima regionalne pripadnosti, poslovne specijalizacije i područja djelovanja. Skupština je podijeljena na trenutnih 5 regija (koje čine fizičke osobe) i 5 sekcija (koje čine pravne osobe) te predstavnici ili zamjenici predstavnika nakon glasanja članova predstavljaju njihov glas u Skupštini po regijama i sekcijama.
Funkciju predsjednika Skupštine obnaša Igor Škrgatić.
Skupština je podijeljena na trenutnih 10 regija (koje čine fizičke osobe) i 13 sekcija (koje čine pravne osobe) te predstavnici ili zamjenici predstavnika nakon glasanja članova predstavljaju njihov glas u Skupštini po regijama i sekcijama.
Sjednica ZEF predstavničke skupštine
Upravitelj predstavlja i zastupa ZEF, vodi poslovanje Zadruge i informira članove o radu ZEF-a. Kada etična banka bude osnovana, upravitelj ZEF-a će kao predstavnik vlasnika biti jedini član skupštine etične banke te će na taj način prenositi upravljačkim strukturama etične banke odluke Skupštine ZEF-a. Funkciju upravitelja ZEF-a obnaša Goran Jeras.
Nadzorni odbor obavlja nadzor nad zakonitošću poslovanja ZEF-a, odlučuje o prihvaćanju godišnjih financijskih izvještaja te daje mišljenje o temama važnim za rad Zadruge. Nadzorni odbor čine Milan Medić, Mladen Perkov, Robert Postaj, Marko Sever i Maja Weisglass.
Odbor za članstvo odlučuje o pravima članova i kandidata za članstvo te odobrava zaprimanje novih članova u Zadrugu.
Vijeće za mirenje posreduje u sporovima među članovima ZEF-a.
